牙龈囊肿的治疗原则是手术治疗。牙龈囊肿是良性肿瘤，良性肿瘤的治疗原则是手术切除，所以有了牙龈囊肿，就可以手术切除。手术方式是沿囊肿的包膜进行剥离，将囊肿完整摘除。
牙龈一般是不会发生囊肿的，如果在牙龈处发生了囊肿，一般是根尖周囊肿。由于根尖周囊肿过大，导致牙齿唇侧的牙槽骨壁缺失，呈现出囊肿的样子。治疗根尖周囊肿，主要的方法就是首先对患牙进行根管治疗。
牙龈囊肿是胚胎发育过程中的牙板上皮或龈上皮剩余由于外伤等因素刺激，发生病变形成囊肿，好发于下颌尖牙、前磨牙区牙龈，需局部手术切除，较少复发。术后需要抗炎对症治疗，局部冰敷，保持口腔清洁，防止术后肿胀、感染，一周以后可以拆除缝线。
牙龈囊肿这个手术是比较好做的。但是并不是说所有的牙龈囊肿都要接受手术，如果牙龈囊肿属于良性的肿瘤，就不需要接受手术，平常生活中都要注意，只能吃清淡的食物，或者说尽量吃流食，避免牙龈受到刺激。
牙龈囊肿主要的方法是对患牙进行根管治疗。在局部麻醉下，在患牙根尖部位的黏膜上进行切开。掀开黏膜组织瓣，去除骨组织，暴露出囊肿，施行根尖周囊肿的切除术，摘除囊肿，配合根尖切除术，防止囊肿的再次复发，对位缝合黏膜。
