进行康复治疗，首先要针对神经系统功能障碍进行积极的康复。主要是进行坐位平衡，站位平衡的训练，包括对瘫痪肢体的，被动和主动锻炼。当然是在康复医生的指导下进行系统训练。如果出现饮水呛咳，需要进行吞咽功能的康复训练，吞咽功能的训练，可能时间也会很长，同时可以配合针灸等方法进行治疗。
脑血栓是一种很容易复发的重要疾病，复发通常与下列原因有关，药物治疗中断，脑血栓形成的病理基础是脑动脉粥样硬化。脑动脉粥样硬化在血栓消退后仍未消退，且血栓仍可重新形成。
脑血栓后遗症主要通过药物治疗和康复功能锻治疗来进行。药物治疗主要是使用具有活血化瘀、芳香开窍疗效的中西药防止血栓复发。康复功能治疗则是配合按摩理疗等辅助手段，逐渐改善血循环状况。脑血栓康复治疗是一个长期的过程，必须持续用药和锻炼。
脑血栓后遗症的康复治疗其实不算是很贵，但是以长期治疗为主，一般康复治疗，大概两年，而且两年之后建议每年定期进行康复理疗，促进血液循环。治疗的单次费用一般是几十块钱到几百块钱左右，而每次治疗1~2个疗程左右就可以。
脑血栓与脑血管狭窄甚至梗塞有关。脑血栓不分为几个阶段，而是分为几个类型，有轻度、中度到重度。轻度脑血栓形成是分散性脑血管梗塞。可以用药物治疗2-3周，注意控制血压和血脂，中、重度脑血栓可能引起偏瘫，积极进行药物治疗和康复训练。
