肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使合并。肛瘘不能自己好，如不治疗会反复发作，因此必须手术治疗。肛瘘的手术方式很多，手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。
中医也主张手术，如挂线疗法就是中医的手术方法。肛瘘只要确定找到内口，将瘘管整个勒开或者切除，是不容易复发的，也可以配合手术制定适合的食疗方法，注意平时饮食要清淡，多吃有利于消化的食物，不要吃辛辣刺激的食物。
肛瘘大多是由直肠肛管周围脓肿引起。临床常规分型分为低位肛瘘、高位肛瘘。确诊肛瘘只能是手术治疗，其没有自愈的可能性。具体手术方法取决于瘘管内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系，例如瘘管切开术、挂线疗法、肛瘘切除术等。
肛瘘属中医湿热下注型，是肛周脓肿的后遗症，肛隐窝呈漏斗状，易出现破溃感染，感染向下蔓延形成肛周脓肿，脓肿溃破后形成肛瘘，分为高位复杂性肛瘘、高位单纯性肛瘘、低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘四种类型，瘘口位于直肠外括约肌深层以上称为高位肛瘘，中医采用挂线疗法，其特点是可避免完全切除瘘道而致的肛门升高，因瘘道切除后不易吻合，愈合过程中肌肉收缩会引起肛门升高。
肛瘘如果不治疗会变得越来越严重，也就是说，皮肤溃疡的程度无法治好，疼痛会更加严重。因此，有必要通过手术治疗肛瘘，如果它是在早期检查。只有手术后才能完全恢复，因为局部用药没有效果。虽然肛瘘在肛门上生长，但这种疾病更常见。不要害羞。
