保守治疗，一般多囊肾处于早期，若出现相关临床症状，可做对症处理，如减少囊液分泌、降低血压或者采用一些结合的药物，来缓解患者的症状；手术治疗，多采用囊肿去顶减压术治疗，即把肾脏囊肿单独打开，降低对周围正常肾组织的压迫，保护正常肾组织的功能。
多囊肾的如果出现了压迫症状明显，肾功能处在失代偿阶段，可以进行囊肿去顶减压术，一般手术分侧进行。手术的同时，一定要在生活饮食习惯上多注意，中药的辨证论治在治疗多囊肾方面有一定效果。
多囊肾是一种遗传性肾病，目前对该病的治疗有非手术治疗和手术治疗。非手术治疗为内科对症治疗，多囊肾患者容易出现血尿，出现肾功能衰竭的多囊肾患者易于合并高血压、贫血等，这时的治疗需要针对症状进行止血、改善肾脏循环、控制血压、纠正贫血等。
需要给予透析的治疗，从而导致肾功能的改善，才可以导致腿肿的消退。多囊肾已经引起了肾功能的不全，往往是属于这种疾病的比较晚的阶段，这样的病人主要是以改善症状为主，延长病人的生命，缓解病人的一些症状，改善病人的生活质量为主。
多囊肾的治疗方法可采取开放腔镜手术和微创手术进行治疗，对压迫肾脏的囊做去顶减压治疗以改善症状。如果有感染，那么就要控制感染，如果长结石，那么就需要按照肾结石来治疗，对于多囊肾里头，某些囊肿长的比较大的，可以去做穿刺，或者是做腹腔镜。
早期的病人治疗上主要还是针对多囊肾的并发症进行治疗，比如病人出现囊肿出血的时候，可以使用止血药；出现感染的时候需要控制住抗感染治疗。目前有一些治疗方法，正在临床的研究过程中，比如使用药物可能在病人囊肿早期的时候，有抑制囊肿生长的作用。