手术一般有两种方式，开腹和腹腔镜。传统的开腹手术费用较低，3000元-5000元左右，但是创伤大，需要的恢复时间较长；腹腔镜手术创伤小，术后恢复快，费用总计约7000元-9000元左右，但是术后容易引起粘连。
如果巧克力囊肿术后卵巢显示不清，有可能是膀胱充盈度欠佳或是肠胀气导致的，如果没有不适，可以先催经等月经干净以后，去医院检查激素6项和在月经的中期检查卵泡的发育情况，看是否能正常排卵。建议平时不要熬夜，养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。
巧克力囊肿做B超可以检查出来，但是不能确诊的，只不过单纯的显影有囊肿但是，具体不知道是哪一类的，需要做手术，将组织做病理，才能确诊巧克力囊肿如果已经确诊了，而且直径超过了3cm，就要考虑是否采取手术了，因为保守治疗已经不能治疗好了，甚至还会导致了囊肿的破裂，还是采取手术方法更好的促进卵巢组织健康。
确实和巧克力囊肿有关。巧克力囊肿是造成不孕的主要原因。吃药和手术均不是最理想的治疗方法，治疗巧囊比较好的方法是在超声引导下的细针穿刺中药硬化剂的方法，可避免囊液外流的问题，确保了不会复发。不手术，对卵巢功能不受任何影响，这种方法治疗后，不影响以后怀孕，是目前治疗巧囊的较好的方法。
对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。病人应坚持随访并争取尽早怀孕。
卵巢巧克力囊肿因多种因素而发生自发或在外力影响下的破裂，破裂可反复发生。破裂后陈旧性血液溢入腹腔，引起剧烈腹痛，恶心呕吐等，常须急诊处理。囊肿破裂多发生于经前期及月经期。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的病理表现，异位的内膜与子宫内膜一样，随卵巢激素的变化而发生同期性出血和其周围组织纤维化，但因其血液不能像经血一样经阴道排出，而是积聚在局部并形成潴留囊肿。
