如果是很大的，第一个是卵巢的储备率下降，对卵巢功能造成损害。特别是恶性的，如果两侧卵巢都切除，会提前出现更年期；如果是良性的、切除单个的，甚至＜5cm这类的病例，切除后并发症是很少的。
卵巢内有畸胎瘤的话会影响到卵巢的正常功能，如月经紊乱等，盆腔内有积液，影响女性正常排卵，很难怀孕，或者流产可能性大。所以一般卵巢畸胎瘤可以进行手术切除，良性肿瘤一旦切除复发的可能性很小，切除后月经恢复正常，排卵期正常。可进行超声检查，可以知道子宫内膜厚度是否恢复到月经来潮的厚度，盆腔内积液是否减少，如果有明显改善，再调理一段时间，就可恢复到正常排卵了，不久就可以怀孕了。
畸形瘤在手术结束后，在饮食上需要特别注意，不能吃很多食物，比如羊肉、胡椒和公鸡，这些食物摄取过多，伤口出血的现象会更加严重，还有一部分食物是头发。吃这些饭菜，卵巢畸形瘤会复发。
左侧卵巢畸胎瘤一旦检查出来并且确诊，必须争取早期发现手术切除，以避免良性畸胎瘤因耽搁科研手术而导致肿瘤恶变，发现同时可预防肿瘤感染、破裂、出血及并发症的发生。
卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
多数可以怀孕，生理性的卵巢囊肿，可以自然消失，生理性囊肿对不孕没有影响。但如果是病理性的卵巢囊肿，往往会发生一些不良的后果，像腹痛、扭转、感染，还有极个别的发生恶变，会因为对内分泌和排卵的影响而导致不孕。
