腱鞘囊肿手术时应根据囊肿所在部位设计切口大小、长度及方向。一般情况下，医生都会沿着皮纹的方向，或者是比较隐蔽的地方，将囊肿完全切除。会不会留下疤痕，要看切口的大小和患者的体质，大部分人都会留下疤痕，也有少部分患者会因为疤痕体质而出现疤痕增生。任何侵入性手术都会在患者身上留下疤痕，包括腱鞘囊肿手术。疤痕是无法避免的，但是可以通过手术来保留疤痕，腕关节部位的腱鞘囊肿手术用腕关节镜，踝关节镜手术后只留一只眼。另外，在做完正常的腱鞘囊肿手术后用美容缝合可以减少疤痕的形成。术后可以使用尿素维E乳膏等药膏淡化疤痕。如果是疤痕体质，疤痕比较大，可以做消疤手术。
足背腱鞘囊肿手术后通常会留疤。
如果足背上的腱鞘囊肿比较小，一般不会对局部造成明显影响，通常不会出现疼痛的情况，可以继续观察，暂时无需进行手术。但是，如果足背的腱鞘囊肿比较大，或在短时间内明显增大，通常需要进行手术来治疗，以切除腱鞘囊肿。这种治疗方法通常会留下疤痕，但由于操作方法、具体病情、个人体质等因素存在差异，留下的疤痕的状态并不完全相同。
任何手术后，都有不同程度的手术切口伤疤，也就是瘢痕，手术后瘢痕形成是不可避免的。瘢痕有轻，有重。可以通过预防伤口感染，减少缝合线，用可吸收线缝合等减轻瘢痕的形成。如果是瘢痕体质，很难消除瘢痕。伤口下局部封闭，放射治疗的方法。但是，这些都不理想。所以，只能通过这些方法减轻手术后伤疤的形成。
可能你是一个疤痕体质的人，伤口痊愈以后，疤痕很有可能会增生，穿衣服的时候要宽松一些，不要穿那种尼龙的，要穿纯棉的，这种疤痕的主要治疗方法就是药物治疗，手术治疗或者是理疗，目前手术治疗是较好的方法，近期内的饮食不要吃生冷及辛辣刺激之物。手术的切口都会伤到皮肤的真皮层，伤口愈合的时候都会出现，发红、发紫、变硬，并突出皮肤的表面，就是瘢痕性的囊肿。这是皮肤的正常愈合现象，不要为了爱美，而去用一些外敷的药物，会引发一些感染。
皮脂腺囊肿被认为是由病毒引起的，因此可适当外用。用消炎止痛软膏来缓解疼痛。同时，可以加入一些减缓皮肤粘膜生长的药物来帮助皮肤愈合。多注意体温的变化。避免吃辛辣食品。
脸部囊肿手术有可能会留疤，具体不能完全确定，每个人的情况都会有所不一样，要根据手术后的护理状况决定。脸部囊肿做完手术后要及时进行消炎治疗，如果出现了感染就可能会伴随着留疤的现象。脸上囊肿切除后要及时进行护理，可以每天使用消毒药水擦拭，如果后期出现了结痂或者是结痂脱落之后，可以在医生指导下涂抹淡化疤痕和防止疤痕增生的凝胶。术后如果有疤痕的现象，可以及时采取到医院进行激光，激光能使疤痕得到磨平。
