颅脑损伤的原因，会导致脑炎后遗症的发生，如果颅脑损伤的比较严重的情况下，几个月就可能会发作的，如果损伤是轻微的，发作的几率会很小的，所以颅脑损伤也是导致后遗症的原因。
其他疾病。导致脑损伤的疾病通常是脑炎后遗症的原因。有时原发病的治疗可以预防脑炎后遗症的发展。然而，有些病例在原发病治愈后癫痫发作仍在继续。是否可以停止发病取决于原发疾病的类型，被侵入的脑组织的位置以及脑损伤的程度。
小孩手足口病引起脑炎情况是可以恢复的，积极治疗可以没有后遗症，因病情而异。小儿手足口病脑炎的治疗主要是对症治疗，脱水降颅压抗感染维持生命体征等。积极治疗一般没有什么后遗症，但是也要依患儿的病情及体质等情况而异。
脑炎后遗症会引起精神异常，其中表现为兴奋多语、烦躁，行为怪异，有的患者还可能导致严重的失眠，甚至会产生幻想，或表情冷淡、活动量减少、食欲减退、有的还会出现记忆力衰退、大小便失禁等。
可以治疗的。手足口病应该及时选择免疫调节剂，同时，控制颅内压，缓解脑水肿，选择抗病毒的药物，可以选择静脉点滴，脑蛋白水解物进行营养脑细胞，同时要预防出现并发症。
炎症各种病原菌原因。如金葡萄多所引起的，化脓性炎症以及咽峡炎及肺炎，而大肠杆菌等革兰阴性杆菌易造成胆道，所工作的环境和基因也是引发脑炎后遗症的原因之一。