可以服用抗生素抗感染治疗，然后局部涂抹乳膏，每次排便后用温水清洗肛门，保持肛周的局部清洁，但是如果肛瘘反复发作，瘘口比较多，形成了复杂性肛瘘，使用保守的治疗方法效果不好，要选择手术治疗，主要是手术切开引流。
肛瘘的治疗目标是尽可能减少括约肌损伤，消除肛瘘内口和任何相通的上皮化瘘管。手术治疗原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。少数可行肛瘘切除后一期缝合或游离植皮。
腺癌的患者在确诊的时候，如果没有明显的远处转移表现，病人的心肺条件允许，肝、肾功能没有手术禁忌，可以选择积极的进行手术治疗，并且在手术以后，应该继续完善相关的病理学、免疫组化、基因测序等检查。
治疗方针：恢复勃起硬度，手术治疗：真空负压勃起装置与缩窄环；阴茎海绵体内药物注射疗法；阴茎假体植入；血管手术：包括阴茎动脉重建术及阴茎静脉结扎术其他治疗：对伴心血管危险因素病人，应评估整体心血管功能。
肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
