如何处理甲减和亚临床，应根据病人具体情况决定。
如亚临床甲减患者，通常无症状，也无体征，常因查体后被人发现，因此，绝大部分亚临床甲减无需处理。对于甲减症患者来说，可以选择药物进行辅助治疗，比如使用左甲腺素钠或者右甲素，这都能够取得较好疗效。但若伴有较严重的甲减症状如乏力、便秘等，且Tsh大于10毫国际单位每升，病人再次合并动脉硬化，血脂异常和甲状腺相关抗体升高的问题，需要处理。因此，亚临床甲减和甲减都应该进行治疗，而不能简单地把二者对立起来。
对于单纯甲状腺肿引起的甲状腺功能减退，可靠而适宜的补碘治疗。因为人们自己分泌这种东西，只是因为分泌的太少，所以需要补充一点，只要定期监测甲状腺功能在正常范围内。
甲状腺功能减退的时候，身体内的代谢本身就是会有异常的，会有粘液性水肿，表现为身体肥胖，替代治疗恢复了后，粘液性水肿就会渐渐消退，体重增加的情况就会自然渐渐恢复的，当然想减肥，可以控制饮食能量摄入和加强锻炼，对甲减的恢复也是有益的。
判断甲减可以看是否出现面色苍白，眼睑和颊部虚肿，全身皮肤干燥、增厚、粗糙多脱屑，非凹陷性水肿，毛发脱落。对于神经系统、消化系统、心血管系统、内分泌系统等都有非常巨大的不利影响，甚至可以致命。
甲减可服用药物治疗，甲状腺激素药物与人体甲状腺分泌的甲状腺素结构相同，服用后不会影响机体功能，对肝肾功能无不良影响，可以长期服用。甲减开始治疗后，应每个月检查一次甲状腺功能，及时调整用药剂量，以长期维持治疗。
