通常可以使用抗病毒药物进行治疗，另外，嘴唇里有疱也有可能是由于粘液腺囊肿所引起，如不慎咬唇或者咬伤，这时出现粘液腺囊肿。这种黏液腺的囊肿通常需要进行手术切除，手术切除治疗以后缝合拆线基本就能痊愈，但是容易复发。
口腔泡有两种可能：一是病毒感染。机体抵抗力差的时候，病毒感染往往会发作，表现为透明的米粒大小水泡，可反复发作，周期不定。治疗方法是抗病毒治疗和局部对症治疗如漱口液含漱等。部位固定，一般为一个小泡，与进食有关。
嘴里长泡，首先检查是否有刺激因素，例如鱼刺，龋齿，残根，或者不良修复体等，及时去除刺激因素，并且当泡破溃以后可以涂止痛，促进愈合药物，另外如果口内泡也可能为单纯疱疹病毒感染，这时需要抗病毒治疗。
宝宝嘴里起泡，若仅有口腔内疱疹，而周身无皮疹，且疱疹主要位于舌部、颊粘膜、唇内、上腭，考虑疱疹性口腔炎，一般是由单纯疱疹病毒引起，如果疱疹主要位于咽峡，考虑疱疹性咽峡炎，主要由柯萨奇病毒b组引起。如果伴有手足臀部斑丘疹、疱疹，考虑手足口病，主要由柯萨奇病毒a组16型，肠道病毒71型引起。也可能是口腔带状疱疹，即由水痘-带状疱疹病毒引起。
嘴里长水泡应该是潴留性囊肿，包括唇舌部黏液腺囊肿及舌下腺囊肿，潴留性囊肿通常是唾液腺导管堵塞形成。
因导管堵塞，导致正常分泌功能的腺体分泌的腺液不能正常排出到口腔内，参与食物的搅拌及消化，出现腺液潴留。
一般来说，患者可以表现为水泡，也就是囊肿。该囊肿会突出于腺体表面，用针刺破后，还会流出水样液体。
针对该情况，建议患者可采用手术的方法解决，即摘除囊肿的同时完整摘除对应的腺体。
小孩子嘴里长泡有两种原因，一种是创伤性血疱，由于进食过烫过硬样食物，或仓促咀嚼大块干硬食物，由于吞咽过快而摩擦黏膜引起血泡。另一种是疱疹性口腔炎。口腔粘膜的任何部位都可以发生成簇的小水疱，似针头大小。
