自然流产没流干净首先要检查B超，根据胚胎组织残留的大小，判断吃药还是手术治疗，具体情况如下：
若直径小于20mm的胚胎组织，可以益母草、五加生化胶囊等活血化瘀的药物，帮助排出胚胎组织。服药1周左右，判断药物治疗效果要去医院复查B超。服药期间适当活动，帮助排出组织物。同时，不吃生冷、辛辣、刺激的食物，可以吃一些蔬菜、水果等。若B超显示组织物直径超过20mm，且数量较多，通常吃药治疗效果不大，建议进行清宫手术。
自然流产后一般流干净了，具体分析如下：
自然流产可以排出体外，但也有一些身体素质比较弱的女性，会出现不洁的情况。如果是自然流产，一般在自然流产一周后到医院做详细的检查，如果还没有完全排出，一定要在医生的指导下进行清宫，避免感染，影响身体健康。如果已经排出了，日常生活中要注意清洁卫生，做好避孕措施，多吃一些有营养的食物，不要食用辛辣刺激性的食物，同时要把内裤和毛巾暴露在阳光下，消毒。
自然流产有残留物需要再检查。
如果是正常的流产，宫腔中有残留物质，建议到医院做个妇科体检，这样可以看到宫腔中的残余物质数量，也可以看到子宫的复原状况。如果女性在人流后有大出血、感染的风险，应及时到正规的医院进行清宫，并配合口服促进子宫收缩、抗感染的药物，以防止感染、修复子宫内膜，以免让女性的身体遭受严重的损害。
例如可以进行腹部的彩超，不出血的情况下，可以进行腹部的彩超和阴道的彩超检查。只要彩超结果提示子宫内膜回声均匀，子宫的形态正常，这时就提示自然流产已经干净。自然流产有没有干净，可以通过一些检查来判断有没有干净。
一般在2周之内蜕膜慢慢会清理干净。证明自然流产流干净的方法是在流产的15天左右去做B超，看一下宫腔里边有没有残留物，或者自然流产3周左右，测血的HCG，这时候血的HCG可能会降到正常。
如果流的干净，自然流产流血，在1周之内能干净，并且掉出来的组织中，通过肉眼能看到白色肉样组织，掉胚胎组织过程中，可能流血稍多，掉完以后流血逐渐减少。如果1周之内，血流干净且没有腹痛，没有其他不适，可以考虑自然流产干净。
