最主要就是使用抗病毒的药物，比如更昔洛韦或者使用抗病毒的免疫球蛋白制剂以及干扰素转移因子等。丙氧鸟苷有防止巨细胞病毒扩散的作用，如果与高滴度的抗巨细胞病毒免疫球蛋白合用，可以降低骨髓移植的巨细胞病毒肺炎并发症死亡率。
婴儿巨细胞感染比较严重，可能会有一定后遗症。
婴儿巨细胞感染可能会引起中枢神经系统的损伤，会造成婴儿出现一定的后遗症。如果是围产期的感染，可能会造成呼吸系统和肝脏的一些损伤，表现为肺炎和肝功能的异常。由于对神经系统的损伤是可以致畸的，也是可以引起后遗症的，所以巨细胞病毒感染需要引起重视，及时的发现积极治疗，控制病情发展，减少后遗症。
如果婴儿检查中发现巨细胞病毒感染，我们还应该考虑其他症状，如果孩子吃饭、哺乳、喝水和睡觉都是正常的，那么我们就不需要在这个时候处理它。如果发现孩子有神经系统问题，或咳嗽、喘息、不想吃东西、肝功能异常，那么这表明巨细胞病毒感染已侵入多系统的多个器官，需要紧急医疗和一些抗病毒治疗。
巨细胞病毒感染的治疗方案比较成熟统一，没有什么特效方法的，出现干损害，就是用抗病毒及保肝治疗的，需要按疗程治疗，至少需要一个疗程，7-10天左右，定期复查。积极治疗很容易治好的。
宝宝巨细胞病毒感染有必要进行抗病毒治疗。
病人经常会有突发剧烈头痛、恶心呕吐、伴头晕或猝倒，可能在紧张刺激下加剧，还会产生耳鸣。今后要注意小孩的卫生和安全，避免孩子再因卫生问题而患上其他疾病，出现黄疸或者是肝炎症状时就会被医生诊断为病毒性肝炎，这是非常危险的，也是最容易发生并发症的。此外，由于治这种病的药也会损害肝脏，因此，才有必要进行肝功能检测。并非病毒对肝功能造成了伤害，但由于药物副作用，要是被这种病毒感染了的话，用药物治疗，也会有造成肝损伤的情况，同时还需监测肝功能。
应该先进行大便常规的检查，明确具体的病因以及病情，明确是否存在脱水或是电解质紊乱等情况后再进行相应的治疗，轻度的一般口服一些消炎药、助消化药或是止泻药就可以了，严重的需要去医院输液的，及时纠正水与电解质的紊乱，避免发生一些并发症。此外需要注意一下平时的饮食清洁卫生。
