肾结石的处理原则主要是一旦形成梗阻，就应该进行积极的治疗。
如无梗阻肾结石形成，可临时观察，定期复查。在检查之前要做好充分的准备工作，包括患者本身以及家属都需要有良好的配合和沟通能力。一旦梗阻形成，应积极处理，由于梗阻形成后，若梗阻不能及时消除，肾结石可导致较严重肾积水，对于肾脏功能的损害则更为严重。另外在临床上发现有部分患者出现了尿路症状，但是这些患者并不是肾功能不全或者尿毒症，而是一种比较罕见的情况，叫做肾性高血压，也称为原发性高血压病。若持续时间较长，此种伤害可能越大，损害肾脏常不可逆转，再次采用手术及其他方法处理。
肾结石使用以下方法处理最好，具体分析如下：
肾结石是泌尿外科常见疾病，近年来发病率很高，主要发生在南方，且与气温升高有关。如果是4mm以下的结石，需要多饮水，定期做泌尿系统彩超检查。介于4mm到1cm的结石可用体外冲击波碎石，1cm到2cm的肾结石可用软式输尿管镜钬激光碎石术；2cm以上的肾结石或鹿角形结石应行经皮肾镜。
进行肾结石造影时，总的来说，风险相对较低，主要危险是部分患者可对造影剂产生过敏，由此引起患者恶心、呕吐等，浑身发痒等，一般可对症治疗，这一风险相对还较低。
一般而言，肾结石患者可经造影发现，清楚肾结石大小，肾结石位置和肾结石梗阻轻重等因素外，也能知道对侧肾脏有什么功能因此对肾结石患者行造影检查，不必格外紧张。患者可根据病情采用保守治疗，仍以手术治疗为主，据造影结果可作出明确指导作用。
肾结石是因为久坐和饮食方面所引起的，在患有肾结石之后，是不可以吃含有草酸和嘌呤的食物，像牛奶奶酪等钙含量比较高的食物也不可以食用，高蛋白也要注意，不可以过多摄入。平时要多喝一些水，对结石的排出也是有好处的。
对于两公分肾结石，如不构成严重的梗阻，可先试用体外震波碎石处理。
若采用体外震波碎石，把结石碾碎为直径在六个毫米以下的结石，有可能自行排泄。此外，还可协助某些口服排石药物的治疗，患者还可以大量饮水和小便，适当跑、跳，爬楼梯之类的动作，很可能会加速结石排泄。若体外震波碎石的作用不显著，严重者可能需手术治疗；若两公分肾结石梗阻并不严重，可考虑经尿道输尿管软镜激光碎石治疗，对患者伤害也相对较轻。
