输尿管结石主要是由于输尿管的管径略小于结石的直径，因此会在结石排出的过程当中形成局部摩擦以及卡压，由于输尿管黏膜上有很丰富的神经就会感知到疼痛，同时结石在排出的过程当中也会刺激输尿管黏膜，而导致输尿管强烈的收缩，因此就会出现比较明显的疼痛症状。
输尿管结石是会造成腰痛的，一旦得了输尿管结石以后，因为它停留在输卵管的位置会造成输尿管的痉挛，这样就会出现疼痛的感觉，一般出现是同一侧的，这个结石那一侧的腰痛腹痛，这种症状一般表现为绞痛，它的发作是阵发性的，过一段时间以后它可以自行消失。
大部分的输尿管结石在输尿管碎石之后很快疼痛就可以缓解了，一般需要3天。有些结石不光滑，或者是比较大，在往下排的时候，可以会对尿道有刺激，或者排到下一个狭窄的时候会重新引起梗阻，疼痛一周左右就会缓解。
输尿管结石因为嵌顿位置不同，导致的疼痛部位也不同，如果在输尿管上段，可能是腰部疼痛，如果在输尿管下段，一般是靠近下腹，但是当排尿的过程中，如果膀胱结石进入尿道，造成尿道堵塞，会引起阴茎疼痛明显。
输尿管结石因导致尿液排出受阻，肾盂内压力突发增高，导致肾绞痛的发生。疼痛较剧烈，常常伴有恶心呕吐，及停止排气腹胀不适。需要与胆绞痛、阑尾炎、胰腺炎及卵巢囊肿蒂扭转等鉴别。肾绞痛可以通过肛门外用抗炎止痛药等。如果仍频繁出现肾绞痛，也可以通过行体外冲击波碎石，或留置输尿管支架解除梗阻，达到止痛效果。
孕妇输尿管结石痛能否坚持到生产要根据病人情况决定。
孕妇输尿管结石比较难以处理，因为怀孕期间属于比较特殊的时期，很多药物不能够使用，因为怕影响到腹中的胎儿。孕妇的输尿管结石如果产生明显的症状，比如导致肾绞痛或者腰腹部疼痛比较明显，建议可以先止痛治疗，另外可以放置一个双J管，缓解孕妇的症状，再等到生产之后再进行处理。如果孕妇属于晚期妊娠，有些病人是可以坚持到生产之后再来处理结石。
