卵巢畸胎瘤分为成熟型畸胎瘤和未成熟型畸胎瘤两种类型，分别采用不同的外科方法进行处理。
成熟型畸胎瘤多见于青年女性，一般应行手术切除；未成熟型畸胎瘤也是比较常见的，是恶性肿瘤，需要考虑到肿瘤的分级，以及外科治疗的范围。若从保存生殖能力的角度来看，应选择一侧辅助手术；在不需保留生殖能力的情况下，可以采用手术治疗，将患侧附件切除掉。
卵巢内有畸胎瘤的话会影响到卵巢的正常功能，如月经紊乱等，盆腔内有积液，影响女性正常排卵，很难怀孕，或者流产可能性大。所以一般卵巢畸胎瘤可以进行手术切除，良性肿瘤一旦切除复发的可能性很小，切除后月经恢复正常，排卵期正常。可进行超声检查，可以知道子宫内膜厚度是否恢复到月经来潮的厚度，盆腔内积液是否减少，如果有明显改善，再调理一段时间，就可恢复到正常排卵了，不久就可以怀孕了。
如果是很大的，第一个是卵巢的储备率下降，对卵巢功能造成损害。特别是恶性的，如果两侧卵巢都切除，会提前出现更年期；如果是良性的、切除单个的，甚至＜5cm这类的病例，切除后并发症是很少的。
卵巢畸胎瘤很容易当成囊肿，卵巢畸胎瘤是一个来源于原始生殖细胞的肿瘤，卵巢畸胎瘤是从母体带来的。畸胎瘤主要是有多皮层组织构成，所以当畸胎瘤切下来之后，里面可以有脂肪。
腹腔镜手术在进行手术的时候是全麻的，所以手术中不会觉得疼。手术后会因人而异，有些人不觉得疼，术后恢复良好，很快就出院了。而有的人会觉得很疼，觉得穿刺口疼，小肚子憋疼，恶心呕吐，这个时候需要用止疼的药物，这个手术现在都是用腹腔镜做的，对病人损伤小，疼痛小，恢复快，值得选择。
多数可以怀孕，生理性的卵巢囊肿，可以自然消失，生理性囊肿对不孕没有影响。但如果是病理性的卵巢囊肿，往往会发生一些不良的后果，像腹痛、扭转、感染，还有极个别的发生恶变，会因为对内分泌和排卵的影响而导致不孕。
