卵巢畸胎瘤分为成熟型畸胎瘤和未成熟型畸胎瘤两种类型，分别采用不同的外科方法进行处理。
成熟型畸胎瘤多见于青年女性，一般应行手术切除；未成熟型畸胎瘤也是比较常见的，是恶性肿瘤，需要考虑到肿瘤的分级，以及外科治疗的范围。若从保存生殖能力的角度来看，应选择一侧辅助手术；在不需保留生殖能力的情况下，可以采用手术治疗，将患侧附件切除掉。
卵巢囊肿48mmx36，手术时是不是要切除卵巢取决于卵巢囊肿的性质。如果卵巢囊肿是良性的，是不需要切除卵巢的，只需要将卵巢囊肿从卵巢中剔除就可以了。但如果卵巢囊肿是恶性的，不仅需要切除卵巢，还需要切除子宫，输卵管，然后进行淋巴结的清扫。而卵巢囊肿性质的判断需要结合核磁共振检查、超声检查，以及术中冰冻病理共同决定。
一般说直径超过七个厘米才考虑手术切除囊肿。如果说能够做囊肿剥出手术，一般不建议切除卵巢。如果说囊肿已经非常大，已经看不到了正常的卵巢组织，那么也可以将这一次卵巢全部切掉因为女性有软两个卵巢切除一侧对女性的性功能并没有什么影响。
通常情况下，卵巢囊肿手术可能会影响怀孕，也可能不会。具体分析如下：
卵巢囊肿手术是否影响生育与囊肿的大小以及手术方式有很大的关系。如果是单纯的良性囊肿，并且不大，通常不会影响患者怀孕。但是如果卵巢囊肿较大，在做手术时可能就会损伤到周围组织，如输卵管，子宫等，所以这种手术可能会影响怀孕。有时处理恶性的卵巢囊肿，可能会把同侧的附件也同时切除，那么就会导致怀孕的概率降低。
本病多为良性病变，通过治疗可以治疗好的，是否切除卵巢，是要根据术中具体情况而定。怀疑恶性肿瘤需要手术完全切除，术后需要辅助放化疗，中医中药综合治疗。因此在医生指导下治疗就可。
一般来说，如果是单纯的卵巢囊肿，需要做腹腔镜手术，一般在术后3个月左右就能准备怀孕。
但是，如果是卵巢巧克力囊肿，可以通过肌肉注射曲普瑞林等药物来控制巧克力囊肿的复发，但是这种情况下一般要半年后才能怀孕。而且服用曲普瑞林后，会有假绝经，短时间内可能也无法怀孕。患者备孕期间可以服用叶酸，养成良好的作息习惯。
