胆囊萎缩是需要进行手术摘除来治疗的。因为胆囊萎缩会导致基本消化功能缺失，且容易引起恶变。所以手术摘除相对比较合适。术后要将组织物送病理检查，明确诊断。要积极配合，对症处理。
胆囊萎缩会癌变，囊萎缩是出现癌变的高危因素之一，但是多少时间会出现癌变还很难界定。胆囊萎缩出现癌变的时间有可能是数年，也有可能是十余年或者数十年，这主要和胆囊炎的发作频率，胆囊结石的数目及大小有密切的关系。
胆囊萎缩在临床上有可能引起消化不良的症状，尤其是在进食脂类食物后有可能出现腹胀、恶心以及脂肪泻等临床症状。另外由于胆囊萎缩很多都是慢性胆囊炎胆囊结石所导致的，因此临床上还可以表现为右上腹疼痛，可以为隐痛、钝痛，严重的也可以呈绞痛。
胆囊萎缩，既然发现胆囊萎缩，它是有原因的，绝大部分发生胆囊萎缩是因为胆囊慢性炎症、胆囊壁增厚，然后胆囊萎缩。对这类的病人胆囊萎缩本身已经没有功能，胆囊放在体内已经不起任何作用。它有很大的坏处，胆囊萎缩发生，胆囊癌变的概率非常高，在临床上还是强调萎缩的胆囊一定要尽早切除。如果以后发生胆囊癌，一个效果非常差，另外切除的难度也更大，一旦发生胆囊癌周围侵犯肝门，5年存活率几乎为零，胆囊萎缩尽早要切除。
胆囊萎缩是胆囊癌的高危因素。但是多少时间会出现癌变还很难界定，有通常数年，或者十余年、数十年，这主要和胆囊炎的发作频率，胆囊结石的数目及大小有密切的关系。应当注意定期复查，规律饮食，避免高脂、高热量的食物，有其他高危因素的，如并发胆囊结石、年龄或者家族胆道癌症史，应该手术切除胆囊。
