可以看一下扁桃体结石的大小，有无扁桃体肿大或发红，充血等症状，炎症的问题，可以临时用点抗生素控制感染，没有症状不需要处理，如果结石大，可以考虑手术切除，扁桃体结石是一种良性的病变，一旦形成，不会自行消失。
小结石可以用刮匙或者钳子取出，个别的可用负压吸引取出。比较大的结石，可在表面麻醉下切开黏膜取出，但需要防止坠入呼吸道。如果结石刺激引起周围的炎症，可以口服消炎类药物局部治疗。对于顽固性的扁桃体结石，保守效果不好，可以行扁桃体切除术。
扁桃体结石不能自愈。扁桃体结石如果不加以治疗只会越长越大，不可能会在不做治疗的症状下自行愈合，所以如果患上扁桃体结石一定要积极配合医生治疗，扁桃体结石不是特别难以治疗的疾病，但是如果长期不治疗，也会使结石越长越大。
通常不是癌症，急慢性咽喉炎，但是咽喉异物感主要是空咽的感觉异常，当进食或者吃饭的时候，异物感觉会消失，如急慢性鼻炎，鼻分泌物向后倒流，刺激咽喉部引起咽喉异物感。
长期扁桃体结石会使病人感到不适或疼痛。结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，产生令慢性口臭。
扁桃体结石可以用刮子或者钳子直接把它慢慢分离、剥出。大结石需要上麻醉药，把黏膜切开，取出来，但必须防止坠入呼吸道，因为扁桃体的位置是呼吸道和食道共同的通道，是一个门户，如果操作不慎，正好随着呼吸，吸到肺里，产生气管异物或者喉异物，会引起严重危及生命的并发症。
