所有的矮小症都需要做核磁共振检查，垂体是分泌生长激素的地方，如果垂体发育不良或者外伤会导致生长激素分泌减少，而矮小症需要排除垂体的微腺瘤才能治疗。
除此之外，还需进行激素分泌检查，通常需要明确出现该病症的病因，并对症进行治疗。平时，家长需要注意保持宝宝营养摄入均衡，可适当运动，促进身体吸收，可以改善病症。
发生滑膜炎是，有些需要做有关磁共振检查，通常可依据患肢磁共振检查，对病人软骨受损害程度进行分析。
当病人发生滑膜炎时，应及时对其发病原因加以分析，例如，有些病人就是发生创伤而导致，发生半月板或前交叉韧带或后交叉韧带损伤，有时周围韧带受损，因而引起滑膜炎。根据病因分析，一般病人应做磁共振检查，以观察病人半月板损伤情况，交叉韧带损伤轻重，从而做到有的放矢。通常应跟随病人治疗病因，从而使病人滑膜炎终于可以得到治愈。
早产儿一般需要做头颅磁共振检查。
早产儿由于脑部发育不良，一般会在出生72小时以后进行头颅磁共振检查，了解其大脑的发展状况。新生儿呼吸窘迫综合症等新生儿缺氧、缺氧等，要进行头颅磁共振检查，以确定是否有脑损害。此外，对于早产儿出现严重的黄疸和有缺氧缺血性脑病的患者，需要进行头颅磁共振检查。但是核磁共振仪的噪声很大，要注意保护自己的耳朵。
磁共振检查不了肝纤维化，肝纤维化主要是做B超检查对肝脏表面、肝脏回声、肝静脉、肝边缘和脾脏体积5项参数与肝纤维化分期有很好的相关性，但对1-3期较难区分；彩色多普勒超声检查或放射性核素扫描，可以确定肝脏动脉和门静脉的血流量及功能性门体分流情况。
头颅核磁共振检查脑内的梗塞病灶、梗塞的位置。头颅磁共振能够显示头颅任意断面的解剖结构，对软组织的分辨率比较高，没有骨性的伪影，可以清楚显示脑干和后颅窝的病变。主要是用于诊断脑梗死、脑炎、脑肿瘤、颅脑先天发育畸形和颅脑外伤等。
