比较小，单一的附睾囊肿是不需要治疗的，如果是比较大的囊肿，或者短时间内增大的囊肿，或者是多发的附睾囊肿可以考虑手术进行切除，一般是手术过程中用蚊式钳分离附睾囊肿，把囊壁完全切除即可。
如果计划进行穿刺检查，通常在住院后进行。这表明必须选择正规的公立医院进行泌尿外科治疗，而不是一些所谓的私立男性医院。治疗后，应该首先向接受治疗的医生解释目的。经彩色多普勒超声、穿刺等检查后，应确保诊断后有针对性的治疗。
左侧睾丸、附睾囊肿绝大多数都没有明显的症状，只是在做B超时发现左侧附睾有囊肿。囊肿一般比较小，也不会有疼痛，仅仅在体检时可能摸到在附睾上有囊性的改变，质地比较软，没有疼痛。当囊肿逐步增大后，也没有明显的症状，就是左侧阴囊有增大的现象。对于左侧睾丸、附睾的囊肿，一般不要做特殊治疗，通常药物治疗无效。如果囊肿大于3cm，可以考虑手术将囊肿切除，切除后一般就会恢复正常。
出现囊肿一般治疗可以采取手术治疗，药物不能治疗，出现疼痛注意是否有炎症发生，可以到医院外科就诊做一下血常规、彩超等检查，根据病情选择治疗方法。注意休息，不要吃辛辣食物。
如果囊肿比较小，也可能会达到自己好，但是如果囊肿比较大就很难达到，还是需要应用药物等进行对症治疗，定期进行复查，看是否有所恢复和好转，如果没有明显的好转，只能是选择进一步进行手术治疗的。避免囊肿逐渐增大，还会引起其他的问题，所以发现要及时去检查，然后治疗，早治疗效果会好，不然出现并发症是痛苦的。
