选用一些清热解毒、燥湿的中药进行配伍，然后将配制好的中药煎煮成汤剂，待汤剂适当冷却后，熏洗肛门和漏口周围。还应该注意饮食维持。应该避免辛辣食物刺激。炎症严重，一些抗生素也可以用于治疗。
坐浴的方法就是将这些消杀菌消炎的药物放在盆里，然后在盆中放入开水等到水温可以耐受的时候，然后坐到盆里，大约15到20分钟就可以的，如果感到水凉了，可以适当的再加入一些开水。用中药的含有消炎泄火的药性的中药进行坐浴，一般在一天20到30分钟左右。
肛瘘手术后，需要换药前和排便后用药液或温水清洗局部肛门。但是坐浴时间不会太长，大约15分钟。如果是肛瘘手术后的女性，一定不要让液体药物在坐浴时进入阴道。因为药液中有肛瘘，手术伤口分泌的炎症物质如果进入阴道可能会引起交叉感染。
至今还没有用很好的药物治疗瘘。肛门瘘的诊断通常需要手术治疗，只能通过手术。如果从瘘口流出大量分泌物，就可以用中药汤剂苦参汤熏蒸汤或黄柏液，保持局部卫生，如果有感染，就可以结合抗生素治疗。在日常生活中，有必要预防瘘的发生。肛瘘主要是肛门周围脓肿破裂后形成的瘘，肛周脓肿主要由肛腺感染。因此，有必要避免便秘和腹泻，需要少吃辛辣刺激的食品。
应选手术治疗，内口的存在，脓肿虽然破溃或已切开引流，但原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管；肛门部不能静养，脓腔不易粘合：排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
肛瘘手术以后一个星期，是可以出院回家休息，每天坚持温水坐浴，早晚各一次，每次十五分钟就可以了。主要是保持创面清洁干燥。便后一次睡前一次。用药物涂擦一下伤口。定期复查，饮食必须清淡，不要吃辛辣刺激的食物，主要大便通畅。
