肛瘘一般自己不会好，要进行手术治疗。急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。肛瘘的治疗以手术为主。肛瘘一旦形成就没有自愈可能，具体多长时间好主要还与肛瘘轻重有关。
约2-3周左右。可采用切开加挂线疗法，是高位肛漏的一种常用手术方法。此法具有简便、经济、不影响肛门功能、瘢痕小等优点。其机理是切开部分漏管周围组织后利用结扎线的机械作用。
肛瘘是肛门周围皮肤与肛管或直肠相通的一种异常管道，这种异常管道叫肛瘘。肛瘘一般是肛周脓肿切开引流或自行破坏后的并发症。肛瘘有两口，一个在肛门外边，一个在肛门里边，肛门里边的口叫内口，内口经常有细菌感染，粪便、脏的东西进入到口内，反复的感染，形成流脓，瘘管无法愈合。肛瘘就是肛周脓肿破溃以后，由于内口的存在，形成瘘管，瘘管经久不愈，所以叫做肛瘘。通常治疗还是以通过手术的方法进行治疗。手术之后一定要按时进行换药，肛瘘手术最后完全恢复的时间差不多要在一个月左右的时间，每次大便过后一定要使用中药进行清洗和坐浴，保持创面的清洁，还要避免大便干燥的情况。
肛瘘挂线治疗一般是根据病患的病情做的，还是比较好的手术方法，一般橡皮筋都是自行推进的，不用担心，一般半年内脱落，肛瘘的治疗需要对个人进行对症治疗。对于肛瘘手术，可以进行简单的肛瘘。肛瘘拔丝手术一般是比较复杂的肛瘘。吊索脱落通常需要两周左右，吊索完全恢复需要一个月左右。
如果长期不治疗，危害很多，第容易引起一些分泌物；肛门周围会分泌一些东西，比如脓水，引起肛门周围的潮湿，引起污裤，就是内裤污染；另外可以引起皮炎湿疹。第肛瘘形成之后，可以在肛门周围形成一个肿块，肿块实际上就是肛瘘的瘘管，肿块时间长之后可以引起病人的疼痛。
