乙脑灭活疫苗和减毒疫苗的主要区别在于，乙脑灭活疫苗是死病毒制成的疫苗，不良反应发较少，需要进行多次注射后，才能在宝宝体内形成抗体。多次接种又增加了宝宝的痛苦以及不良反应的发生率。而乙脑减毒疫苗属于活疫苗，存在一定的接种排斥，不良反应相对较明显，但是接种效果好，接种次数少，对宝宝的伤害减少，容易被家长接受。因此，乙脑减毒疫苗要比减毒疫苗好一些。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
乙脑减毒活疫苗不良反应发生率比较低。主要表现为局部反应和全身症状。接种部位在上臂外侧三角肌下缘，皮下注射，可以引起该部位局部红肿，硬结，疼痛，一般症状较轻，用温毛巾局部热敷后1-2天，可以消失。
乙脑减毒活疫苗事故率并不是很大。乙脑减毒活疫苗是预防乙脑的有效手段，流行性乙脑是由昆虫为媒介传播的，人和牲畜共同患病的疾病，此病起病急，会突然出现高热、惊厥、昏迷，痉挛性瘫痪等中枢神经系统疾病，严重者危及生命。
乙脑灭活疫苗副作用有局部出现红肿、疼痛，1-2天内消退。少数有发热，一般均在38℃以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。
乙脑减毒活疫苗是降低了毒性的乙脑病毒，这种疫苗注射到人体后，人体免疫系统就会发挥作用，产生大量的抗体。在发挥作用的过程中，可能会导致人体体温出现异常。如果发烧在38度左右，这种情况属于低烧，可以采用物理降温的办法治疗，额头可以贴退热贴。
