自然流产没流干净首先要检查B超，根据胚胎组织残留的大小，判断吃药还是手术治疗，具体情况如下：
若直径小于20mm的胚胎组织，可以益母草、五加生化胶囊等活血化瘀的药物，帮助排出胚胎组织。服药1周左右，判断药物治疗效果要去医院复查B超。服药期间适当活动，帮助排出组织物。同时，不吃生冷、辛辣、刺激的食物，可以吃一些蔬菜、水果等。若B超显示组织物直径超过20mm，且数量较多，通常吃药治疗效果不大，建议进行清宫手术。
自然流产后一般流干净了，具体分析如下：
自然流产可以排出体外，但也有一些身体素质比较弱的女性，会出现不洁的情况。如果是自然流产，一般在自然流产一周后到医院做详细的检查，如果还没有完全排出，一定要在医生的指导下进行清宫，避免感染，影响身体健康。如果已经排出了，日常生活中要注意清洁卫生，做好避孕措施，多吃一些有营养的食物，不要食用辛辣刺激性的食物，同时要把内裤和毛巾暴露在阳光下，消毒。
自然流产是否有清宫主要取决于胚胎组织的排出情况。具体情况分析如下：
正常情况下，自然人流后要到妇科B超看一下宫腔中的胎儿，如果宫腔中的胎儿组织全部流光了，不需要进行清宫，多休息，让子宫和人体慢慢的康复。B超提示胎儿体内有残余的胎儿，用药都不能排除，需要做的就是做清宫，防止胎儿在宫腔里滞留，造成大出血。
一般在2周之内蜕膜慢慢会清理干净。证明自然流产流干净的方法是在流产的15天左右去做B超，看一下宫腔里边有没有残留物，或者自然流产3周左右，测血的HCG，这时候血的HCG可能会降到正常。
阴道流血量少，没有腹痛等不适，一周内阴道流血停止，复查血绒毛膜促性腺激素检查呈明显下降的趋势就表明自然流产流干净了。如果阴道流血量比较多或者是一周以内仍有阴道流血，考虑是不全流产可能，应及时到就诊。
自然流产通常阴道出血的时间不超过一周，如果在自然流产后一周没有阴道出血的症状。流产后随着子宫内膜的修复，子宫的收缩，如果出血逐渐停止，那么应该就是流产干净了。