葛西手术在临床上主要是用于治疗先天性胆道闭锁。部分先天性胆道闭锁的新生儿在应用葛西手术治疗以后可以获得较好的效果，生存期有可能达到数十年以上。但是也有部分先天性胆道闭锁的新生儿，即使应用葛西手术治疗，也有可能出现病变进一步进展，甚至导致肝硬化的发生，如果不能够给予及时的肝移植，可能很快造成死亡。
胆管炎常见的临床表现是上腹部不适，有些病人表现为疼痛或者是绞痛，特别是在进食油腻食物以后，疼痛加剧，常伴有黄疸或者是发热。在胆管炎的急性期，一般是根据病人的临床症状给予对症处理，比如给予解痉止痛，以及抗感染药物的治疗，在缓解期口服一些消炎利胆的药物，具体药物的用法用量应该要根据医嘱执行。
胆管炎中药能治疗的，原发性硬化性胆管炎是一种慢性胆汁淤积性疾病，服用中医药，有必要到中医科进行辨证施治，然后开出正确的药物，不能千篇一律的服用一个中药处方，因为不对症，每个人的病情差异很大，饮食宜清淡，注意卫生，并注意治疗后的观察。
肝移植是先天性胆道闭锁发展至终末期惟一有效的治疗手段。在小儿（年龄小于18岁）肝移植中，先天性胆道闭锁所占比例接近一半，其中1岁以内中，所占比例约90%。葛西手术后约67%的儿童在成人之前仍需要肝移植救治，由此，葛西手术成为了病人在接受肝移植以前的一种过渡性治疗。通常，病人接受肝移植手术时机被认为是葛西手术术后胆红素持续在10mg/dl以上和年龄120天以上肝脏已出现明显硬化。
右上腹部疼痛和黄疸的问题现在不能仅仅通过考虑反流性胆管炎，例如化脓性梗阻性胆管炎和其他疾病来排除。因此，可以去当地的正规医院做普通手术，并进行腹部彩色多普勒超声和电脑断层扫描等检查。例如，如果病人的病情被认为很严重，就需要手术。