通常对于囊肿的治疗来说，首先要彻底分清区分囊肿是属于良性还是恶性的。如果囊肿是良性的，没有必要担心了，可以通过口服一些中药进行保守治疗慢慢调养。但如果囊肿是恶性的话建议要尽早采用手术的治疗方式进行治疗，如果手术治疗方式效果不佳的话，还可以再生全身化疗的方式，这些方法就可以彻底治疗囊肿。如肾脏囊肿，若是4cm以上的肾脏囊肿，可以通过腹腔镜手术就可以治疗；4cm以下的肾脏囊肿，也可以通过B超定位下穿刺进行治疗。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。
出现宫颈囊肿，是属于宫颈的腺体口堵塞引发的，是属于一种慢性的良性病变的。每年做宫颈的液基脱落细胞和HPV的检查，如果这两项检查结果没有异常，一般没有多大问题的，如果平时伴发阴道分泌物较多，可以配合阴道内上药治疗。
颈部囊肿主要选择手术治疗。药物治疗效果不大，主要考虑的是炎症或感染引起的症状，平时注意饮食清淡，多喝水，避免熬夜，注意饮食的食谱健康。也可以与一些消炎药配合使用进行调理和治疗，以避免术后感染和复发。
这段时间饮食需要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物，需要多吃新鲜蔬菜和水果，避免干燥。有囊肿肛瘘是需要通过手术来治疗的，用药是没有什么效果的，因为本身已经肛瘘里面都是脓了，必须切开，排出来之后才能完全治好的，所以现在需要去医院检查。
