跑步的时候脚踝出现疼痛，主要考虑两方面原因：第一、脚踝存在着基础疾病或者异常状况，从而在活动跑步的时候造成疼痛。第二、可见于由于跑步运动的运动量过大，超过踝关节的负荷范围，从而造成踝关节损伤出现疼痛。踝关节的基础疾病，常见踝关节的关节炎或者踝关节滑膜炎、年龄或者身体状况不佳造成的踝关节退变，在进行大运动量活动的时候就容易造成踝关节疼痛。跑步运动量过大踝关节不能及时进行缓冲压力，修复损伤就会累及性的造成踝关节损害，从而出现踝关节疼痛。
跑步后膝盖内侧痛一般可以适当休息、药物治疗、及时检查。
1.在跑步的过程中，膝关节内侧出现了疼痛的症状，可以通过适当的休息来缓解，同时避免出现剧烈的活动。
2.如果出现了局部的疼痛，可以使用云南白药气雾剂外用，同时在局部进行冷敷；如果有肿块，可以服用迈之灵进行消肿治疗。
3.不舒服的情况下，要看有没有关节内部的结构损害，比如半月板的损坏，需要去医院做核磁共振，以确定有没有半月板的损害。
通常情况下，跑步后膝盖痛的患者可以通过使用药物、日常护理等方式进行治疗。具体情况分析如下:
使用药物:跑步后膝盖痛的患者可以先去医院拍片检查确诊病因对症治疗,患者可以按照医嘱使用一些止疼以及消炎的药物进行治疗，比如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片、复方阿司匹林片等。
日常护理：跑步后膝盖痛的患者平常保持好的生活作息，运动量不要过大过猛，不要长时间站立，少吃一些辛辣生冷性食物。
脚踝肿痛可以将患足抬高，局部温盐水毛巾热敷，或是贴膏药，服用舒筋活血或者抗炎止疼药治疗，水分要补充充足，平时注意休息，不要熬夜，不要受劳累、疲乏，不要受凉，不要走路。
跑步后肛门疼痛。考虑它是由痔疮、肛裂、直肠炎等原因引起的。也可以在息肉、肿瘤和其他原因中看到。需要去肛门直肠科做进一步检查。依据检查结果和症状，需要在考虑对症治疗之前做出明确的诊断。平时，需要多吃蔬菜和水果，粗纤维食物来保持大便通畅，饮食均衡，避免辛辣、油腻和刺激性食物。
脚踝扭伤后酸痛的原因如下：
第一、脚踝关节扭伤后关节滑膜肿胀，出现急性炎症，由于滑膜内血液流通受阻，关节中的无氧代谢增多，进而产生乳酸等酸性代谢物，会对滑膜神经造成一定的影响，引起疼痛症状。
第二，脚踝扭伤后，关节的神经末梢会增加对疼痛的敏感度，而关节受伤会导致关节的液体结构发生变化，炎症介质会刺激滑膜神经，从而导致关节酸痛。