临床上，没有超过5cm的卵巢囊肿一般会自行消退，注意观察即可，不用进行特殊的处理。如果卵巢囊肿超过5厘米，且随访观查2个月也没有减小，通常符合手术指征，建议患者采用囊肿剔除和附件切除手术进行治疗。如果短期内患者的体重减轻，且发现卵巢囊肿增长速度很快，则有可能是恶性的卵巢囊肿，也是需要及时进行手术治疗的。
手术治疗，一种是囊肿切除术，即将囊肿全部切除；但由于创伤较大，现在已经比较少用，而代之以囊肿造口术。造口术切口选择在囊肿的下方，让囊液能够全部流出来，同时用引流条以防造口粘连的下方，让囊液能够全部流出来，同时用引流条以防造口粘连。
如果囊肿直径没有超过五毫米，做过宫颈tct检查，排除宫颈上皮内病变和恶变，可以不需要特殊治疗，但是如果病情比较严重是需要治疗的，平时一定要多注意自己的个人卫生，保持局部的清洁干燥。
睾丸囊肿如果超过了一厘米以上或伴有睾丸的疼痛，肿胀，就需尽早去做手术治疗的，睾丸囊肿是一种良性病变，对身体没有影响的，所以如果比较小，需观察为宜。如果囊肿比较小，需适当每隔三月观察一次为宜，如果囊肿比较大，需针对性的治疗。要去正规医院找专科大夫详细检查根据检查结果和自身情况遵医嘱决定治疗方案，不要擅自决定以免延误病情，平时注意饮食。
前列腺囊肿确诊后是必须禁欲的，三个月复查一次前列腺的彩超，看看囊肿有没有增大。前列腺囊肿已经引起一些排尿症状，比如尿频、尿急，排尿困难，尿滴沥，尿线变细、尿等待等情况，这时需要手术治疗，一般是做引流手术把前列腺囊肿里面的液体去掉，术后一个月尽量避免性生活。
