通常情况下，对于胃间质瘤，如无手术禁忌，则需行外科手术，胃间质瘤则采用腹腔镜下手术，胃底部及胃体部的胃间质瘤则需行胃楔形切除术。切除范围为1~2cm，除肿瘤外，尚有正常胃壁组织。
如果是中高危病人，可以选择伊马替尼作为一种靶向药物。术后要注意饮食，尽量少吃，尽量少吃，尽量少吃东西，术后要定期随访，胃镜检查一年以内。
间质瘤不是癌症。间质瘤是胃肠道间质瘤。胃肠道间质瘤并不等同于胃癌或肠癌。癌是指发生于上皮的恶性肿瘤，具有浸润性生长和容易复发和转移的特点。而胃肠道间质瘤则是发生于胃肠道的间叶组织，其局部侵袭性并不如癌症，较少的通过淋巴结，而是通过血液转移。
通常情况下，食管间质瘤患者需要做影像学检查、细针穿刺活检等检查。具体情况分析如下：
影像学检查：食管间质瘤是原发于食管内除平滑肌瘤或神经源性肿瘤之外的另一类间叶源性肿瘤，食管间质瘤患者可以通过做CT检查明确肿瘤的部位、大小及侵犯范围，做MRI检查显示肿瘤内坏死、出血、囊性变及周围脏器。
细针穿刺活检：食管间质瘤患者可以通过做细针穿刺活检判断肿块的良恶性。
胃部小间质瘤是否会转移，需要根据性质进行判断。
胃部小间质瘤如属于良性阶段，一般不会出现转移，也不需要进行任何的处理。胃部小间质瘤如属于恶心阶段，癌细胞会顺着淋巴管和血液循环，转移到肝脏、肺部、骨骼，或者是腹内。肿瘤还会侵犯和发展，导致出现食欲减退、恶心呕吐等相关的临床表现；如果向其它地方扩散，还可能会导致肝脏疼痛，胸部疼痛和骨头疼痛。
如果是良性的，手术以后就能治愈，不会影响正常的寿命。如果是恶性的，大多都容易复发，不能切除者生存期大约在9~12个月左右，原发灶切除彻底无转移病灶者最长可存活5年左右。
胃间质瘤是发生于胃，起源于间叶组织，是属于非上皮组织而且恶性程度比较低的肿瘤。但胃间质瘤不同于常见的胃癌，胃癌是起源于胃的黏膜层，起源于胃的叫间叶组织肿瘤，跟胃癌来比是胃上常见的肿瘤，若发展成恶性肿瘤就是胃癌。间质瘤跟胃癌相比是起源不一样，还有是间质瘤少见发生率比较罕见，是少见的胃的恶性肿瘤。间质瘤是交界性肿瘤，可分为低度恶性和高度恶性。