通常来说，先天性黄疸是通过药物治疗的。
体内胆固醇水平明显偏高会导致新生儿出现黄疸，新生儿出现黄疸一般使用益生菌、茵栀黄口服液等药物进行治疗。益生菌可以有效调节儿童的肠道菌群，茵栀黄口服液可以有效的减少胆红素的肝肠循环。药物治疗可以很好地降低新生儿的先天性黄疸水平。如果先天性黄疸使用药物治疗无效，可能还要考虑手术治疗。
治疗先天性心脏病主要是通过手术的方法来进行治疗，但是取决于先天性心脏畸形的范围及程度。如果是简单轻微的畸形，如缺损直径小，则对血流动力学无明显影响，可以终身不需任何治疗。严重的先天性心脏病，在出生后手术治疗。
原发性癫痫的初发年龄不定，多在幼儿期和少年期起病，以典型大发作或典型小发作为临床表现。对于原发性癫痫能不能问题的讨论，应转移到如何进行科学专业的治疗，在临床上，不管是什么类型的癫痫，在接受正规专业治疗的癫痫病人，有80%的都得到了有效的控制，最终达到效果。
先天性内翻通常需要手术治疗和矫正，如果在年龄段，先天性内翻通常伴有肌肉萎缩，此时治疗效果不是很好。治疗效果越早，治疗效果越好。对两岁以内的家庭来说，治疗效果是好的，因为那时骨骼和肌肉没有萎缩，功能恢复也不好。
天性胆总管囊肿的发病原因，尚存争议，十年来随着对本病形态学、胆汁酶学及动物实验研究的进展，对其病因有了更深入的了解，多数学者认为本病与先天性胆胰管合流异常、胆总管远端梗阻有关。治疗小儿先天性胆总管囊肿主要是采取手术方法进行相对应的治疗，同时要注意的是术后期间要适当服用抗生素和其他的滋补食物来进行必要的营养补充。
免疫治疗干扰素是免疫治疗的一部分，免疫治疗一个是免疫细胞的治疗。化疗后，即达到临床治愈水平时，应用中药调节机体免疫水平，恢复免疫功能，可延长白血病的复发时间或阻止其复发。
