一般来说，经期后第三天同房了不会有什么不良反应。
月经后第三天有性生活，只要使用正确的避孕手段，就基本不会有怀孕的危险。但是由于子宫内膜刚刚脱落，很容易发生小的出血，是正常的现象，所以不需要太过担心。来例假后三天就是安全期了，如果在这个时候有性生活，就算是没有避孕措施，怀孕的可能性也会很低，所以可以不吃紧急避孕药。
大姨妈一般指月经。来月经第三天同房，可能容易导致妇科炎症感染。如果同房了，需要注意观察，如果没有不适症状，一般不要紧，因此月经期间发生性生活不一定会发生感染。但如果来月经第三天性生活以后出现出血量增多、小腹疼痛等症状，甚至出现发热的现象，需要及时就诊，进行必要的检查，遵医嘱给予相应的治疗，并且注意在月经期间禁止性生活。
月经结束后第三天同房是否会怀孕，要看月经期是几天，如果在七天内，月经干净后第三天是安全期同房基本是不会怀孕的，但也不能完全排除，也有排卵提前的可能。如果实在担心怀孕，还没有超过72小时，可以吃紧急避孕药进行补救避孕。
在月经干净第三天同房是不会怀孕的，这时候为安全期。只有在排卵期的时候同房才可以受孕，排卵期为下次月经来潮前14天左右，排卵期的时候，阴道分泌物可增多，呈水样透明，明亮，并呈拉丝状，一般持续一到两天。
女性在来潮后三日有性生活是有可能怀孕的。
原因是在排卵前2-3天至排卵后24个钟头发生性关系，女性月经周期较少，有可能导致女性出现妊娠。女性经期延迟一星期，还没有来潮，可以去看一下人绒毛膜促性腺激素，如果检测结果为妊娠，若为妊娠，则要进行平腔彩超，确定是否存在子宫内孕或宫外孕，是否存在原有的心脏跳动。
通常经期第三天同房通常好引起妇科疾病，常见疾病如下：
1、妇科炎症：在月经期间，宫腔内的积血可能会通过宫颈管排出，人工宫颈管处于开放的状态，同房有可能会引起宫颈炎、盆腔炎等疾病；
2、其他疾病：在经期进行性生活有可能会导致经血逆流到盆腹腔，引起子宫内膜异位症。不仅影响到女性的健康，还可能导致不孕不育。
因此，女性经期应该避免同房，并注意卫生，尽量保持外阴清洁、干燥，避免穿不透气的内裤。
