常见的副作用表现为抗胆碱能作用，例如可引起口干、便秘、排尿困难。有些可以表现为头痛、头晕，嗜睡。或者出现心悸、心前区不适等。双相障碍抑郁，长期服用舍曲林，可以诱发躁狂发作。
盐酸舍曲林片是一种新型的抗抑郁药，也称之为选择性五羟色胺再摄取抑制剂，能够有效改善抑郁情绪，也有一定的抗焦虑作用，临床上主要用于医治各种类型的抑郁症。其常见的副作用表现为抗胆碱能作用，例如可引起口干、便秘、排尿困难。有些可以表现为头痛、头晕，嗜睡。或者出现心悸、心前区不适等。双相障碍抑郁患者，长期服用舍曲林，可以诱发躁狂发作。副作用两三天就可以逐渐消退。
长期服用舍曲林，突然停药就会出现综合征，如出现失眠、焦虑、心慌乏力、大量出汗、坐立不安以及抑郁和焦虑病情的加重等。患者可以逐渐减少，到医院咨询患者医生，停药两周之后所有的副作用就会消失。
一般来说，盐酸舍曲林作为选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，副作用较少。
目前常见的副作用主要是服药初期的胃肠道反应，如口干、口苦、恶心、呕吐、便秘、腹泻等。这些症状可以在服药后一周左右消失。还有其他副作用，如头晕或头痛，以及过度兴奋甚至焦虑，如果严重的话，也可能导致躁狂的风险。
对于男性患者，舍曲林的副作用可能导致射精延迟。如果长期服药，肝肾功能可能受损。
盐酸舍曲林片不良反应有胃肠道不适，例如恶心、呕吐、腹泻、厌食，也会出现头痛、头晕、疲乏无力、嗜睡以及失眠等不良反应。另外，它还可以出现过敏性皮疹以及性功能减退等少见不良反应。
抑郁症患者停药后很容易造成病情反弹，如果妊娠期间孕妇出现抑郁很容易导致胎儿的发育出现问题，妊娠期间也不能用药物治疗抑郁症，这样会导致胎儿畸形，如果有要孩子的打算，尽量是在精神科和产科医生的同意和指导下进行备孕。
