复杂肛瘘不能自愈，手术治疗是治疗复杂肛瘘的较好方法，但在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。复杂性肛瘘是指有2个或以上内口或外口，有2条以上瘘管或支管、盲管的肛瘘。复杂性肛瘘在肛瘘治疗中最为棘手，因其发病的原因和形式多样。
高位肛瘘的治疗，通常需要采取肛瘘挂线术。挂线的目的有两个，第一个作用通常是起到引流高位肛瘘所产生的分泌物，肛瘘手术后分泌物大部分是脓液，由于伤口的位置比较高，很难自行排出。所以此时会在瘘口内口和外口之间挂一根线，起到引流分泌物的作用。第二个作用是逐渐切割内括约肌的作用。
低位复杂肛瘘疾病容易复发，所以要注意坐时要让肛门处于悬空状态，便后用水清洗肛部，可以在医院买个电动肛门护理包，里面有肛部清洁器帮助便后清洗，肛部药浴盆放在马桶上熏蒸坐浴，坐姿时用肛部支撑垫帮助悬空伤口，促进水肿消退。
HPV男生治疗起来是否复杂，需要根据病情判断。
如果该病毒引起的是尖锐湿疣、寻常疣、丝状疣等疾病，一般通过药物治疗、物理治疗等方式能够达到治愈的目的。但是该病容易复发。如果是引起癌症，治疗是比较复杂的，需要进行手术、放疗、化疗等综合治疗，以提高生活质量。
复杂性混合痔的治疗，症状不明显，且不影响病人的正常生活，是可以不治疗的。只要平时改变饮食习惯和排便习惯就好，平时保持大便通畅，养成定时排便的习惯，避免久坐久蹲，多做提肛运动，注意肛周卫生。如果混合痔出现异物脱出不能回纳，甚至发生嵌顿，可以采取外剥内扎术进行治疗，或者是PPH和TST等微创手术治疗，在术后需要连续换药两周以上才可痊愈。
高位肛瘘的治疗，通常需要采取肛瘘挂线术。挂线的目的有两个，第一个作用通常是起到引流高位肛瘘所产生的分泌物，肛瘘手术后分泌物大部分是脓液，由于伤口的位置比较高，很难自行排出。所以此时会在瘘口内口和外口之间挂一根线，起到引流分泌物的作用。第二个作用是逐渐切割内括约肌的作用。
