通常情况下，婴儿细菌性痢疾腹泻可以通过药物来治疗。具体情况分析如下：
婴儿细菌性痢疾腹泻的治疗，首先是应用抗菌素，细菌性痢疾是感染了痢疾杆菌造成的，此时就要应用头孢克肟等头孢菌素进行抗细菌治疗，等肠道的细菌被杀灭以后，孩子的腹泻症状自然就会好转。其次是给予对症支持治疗，如果腹泻的量比较多，要给予口服补液盐以纠正脱水和电解质的紊乱；发热超过腋下38.5度时，要给予布洛芬退热。
抗菌治疗是细菌性痢疾治疗最主要的部分，可以有效的控制病原体，选择口服也可以选择静脉滴注。另外一些其他的对症药物也可以作为选择用药。另外要给予对症处理，对于有水分和电解质丢失应该口服其他的药物。如果病人出现持续的高热，应该以物理降温为主，适当的使用一些退热的药物。对于症状比较重。
首先在治疗上需要抗感染治疗，如果腹泻较频繁者，还需要通过静脉输液来补充电解质，同时在饮食上要清淡易消化为主。一般在治疗后5到7日即可康复。忌肉类浓汁及动物内脏，忌粗纤维、胀气食物，忌性寒滑肠食物。
治疗的方法有循环衰竭的治疗法基本同感染性休克的治疗。主要有扩充有效血容量，纠正酸中毒，强心治疗。还有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。
中毒性细菌痢疾主要表现为起病急、畏寒、高热，全身中毒症状严重，迅速发生呼吸循环衰竭，局部肠道症状轻微或缺如。临床表现和粪便检查进行诊断，其中粪便检查时镜检有大量脓（白）细胞、少量红细胞可临床诊断，但确诊需依靠粪便细菌培养痢疾杆菌阳性。
