一般情况下，婴儿鼻炎每天凌晨三点咳嗽几声可能是以下原因引起的。具体分析如下：
小儿的鼻炎在凌晨出现咳嗽，很有可能是因为婴幼儿的过敏性鼻炎。也有一些原因是因为婴幼儿的急性鼻炎，这是因为病毒感染所致的鼻粘膜的急性炎性病变，会出现发热、鼻塞、流鼻涕等情况。当鼻液逆向流入咽喉时，会对咽喉粘膜造成一定的刺激，会导致咳嗽等。宝宝早上出现剧烈的咳嗽，也是因为孩子的胃内容物倒灌到了咽喉，会对咽喉粘膜造成一定的刺激。
凌晨3点才睡觉属于严重的熬夜行为，大多数的激素在凌晨11点到1点之间分泌，此期间如果没有进入深睡眠状态，就会影响正常的激素分泌规律。因此长期的熬夜会导致内分泌失调，熬夜，过度疲劳可能诱发心律失常，导致恶性心律失常增加猝死的风险。
夜间醒来而睡不着是属于失眠的一种类型，称之为睡后易醒。失眠只是一种症状，而不是疾病，引起失眠的疾病有很多，包括焦虑抑郁状态，精神疾病，以及环境变化，倒时差，各种疼痛影响等。如果偶尔出现这种状态，并不用担心，可以口服苯二氮卓类药物来缓解症状，如果症状已经持续了一个月以上，需要及时就医，进行焦虑抑郁量表检查以及躯体疾病检查，诊断后及时治疗。
孕中后期，胎儿会喜欢在夜间胎动。夜间比较安静，它会感觉妈妈有时间与他玩耍，另外有些宝宝白天睡够了，晚上就需要通过运动来展现他的存在。可以去做下胎心监护，如果没有异常，胎动频繁是正常现象，不要过度忧虑。
凌晨咳嗽厉害，首先需要考虑的是咳嗽变异性哮喘引起的，咳嗽变异性哮喘的典型表现就是发作性干咳，常发生在半夜或者凌晨。治疗上主要以吸入性糖皮质激素为首选。
可能由于饮食及生活不规律，胃粘膜损伤等导致。平时要规律生活，不要熬夜，日常生活中要注意饮食习惯，不吃油腻的食物，辛辣刺激的食物，生冷的食物。还要保持良好心态，情绪。
