预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘是由于肛周围脓肿而导致，因此只要不形成肛周围脓肿就不会有肛瘘的形成。要特别注意的是，一旦发现肛周围有发炎迹象，就应及时是用抗生素，或者进行抗炎的治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多．手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免瘘的复发。
肛瘘的发病很复杂，现在机理不明确，临床上主要以肛腺的感染为主，肛腺长在肛门内，一般看不到，而且肛腺它的作用，跟腮腺的作用是一样，会分泌一些液体软化大便，肛腺口张开细菌进去以后就容易造成感染。这种感染首先表现的是肛周脓肿，就是肛门周围起疖子，但是大部分离肛门近的疖子，基本上都考虑是由肛周感染而来，必须要手术。
肛瘘是可以癌变的。尤其是久治不愈的肛瘘或者是长时间不治的肛瘘。肛瘘是常见的肛门直肠疾病，一旦形成肛漏，几乎没有自愈的机会，需及时的外科手术。肛瘘的反复炎症刺激使炎性细胞增生进而引起细胞的变异，发生癌变。
