巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
不会影响的。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位症囊肿。每个月，随着月经来潮出血，子宫内膜出血，在卵巢内部形成巧克力液体，每个月随着月经来潮增大，为了防止破裂必须手术剥离囊肿穿刺。但是手术也不能治疗好。只要月经正常，卵巢功能正常，就会复发。
巧克力囊肿摸着感觉可能会硬，卵巢囊腺瘤单侧多见，囊壁边缘清楚，但是当囊腺瘤发生破裂后，周围也可有粘连，增强盆腔脓肿壁呈环形强化，强化环较厚。临床多有炎症的表现。卵巢巧克力囊肿并有新鲜出血时，可类似囊实性肿块。
巧克力囊肿疾病的复发概率在百分之十三左右。手术之后护理恰当，定期做好复查工作，注重平时的运动锻炼，月经期严禁房事，保持外阴及阴道的清洁，提高身体的抗病能力，可以防止巧克力囊肿疾病的复发。
卵巢巧克力囊肿指标有子宫直肠陷窝，可触及大小不等的不规则的结节状突起，触痛明显，子宫骶骨韧带增厚压痛。异位卵巢时常可触及一侧或两侧盆腔内有固定的囊性肿块，伴或不伴压痛。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
