如果结石小于5毫米，输尿管结石可以通过多喝水、多排尿、口服这种药物、多运动、尤其是多跳跃来排出。如果尿液中有血，可口服这种药物抗生素进行抗炎治疗。如果有疼痛，654-2可用于治疗，这种药物可用于治疗重度疼痛。
对于输尿管结石上段和下段哪个严重，主要还是看梗阻的时间长短，以及引起肾积水的严重程度来定，有时候上段可能梗阻的时间久了，那就是上段的比较严重。有时候下段的梗阻时间比较久，那就是下段的要更严重。
可以吃一些具有清热解毒，利尿通淋作用的中药，对输尿管结石的治疗也是有一定帮助。输尿管结石单纯的使用中药治疗效果就不理想，这时候大部分病人需要进行手术治疗。
输尿管结石依据结石大小、部位及有无合并症治疗方式不一，结石＜0.6cm，没有合并症，可通过多喝水、多运动等排石治疗将结石排出，或是服用排石药物。结石较大，合并梗阻、感染，可行微创手术。微创手术损伤较小，出血较少，优于开放式手术。
输尿管结石，并且注意多喝水，多运动，一般几个小时左右可以排出石头，如果结石超过6毫米或者结石表面不太光滑，以及输尿管有狭窄或者息肉等情况，一般石头不容易排出，有的需要一个月，甚至几个月。所以需要采用碎石手术等方法排石。
