智齿没拔干净会导致拔牙创口的继续损伤，造成牙龈发炎，引发口腔疾病。智齿没有拔除干净，如果剩余的是部分的牙冠或者牙根，并且牙根的长度多于2mm，会导致拔牙创的再次感染。如果滞留的是低于2mm的牙根，这种情况可以不用再继续进行处理。牙根有可能会和牙槽骨融为一体，或者有可能牙根会慢慢出现吸收，还有可能是牙根慢慢的会排出来，在口内表面浅表的位置。如果出现以后可以再次拔除，可以防止拔牙创的继续损伤，尽量把拔牙创的损伤控制在最小。但是如果高于2mm，或者有残冠留出就一定要清理干净。智齿位置特别深，残留根尖比较小，可以留置观察；如果残留根尖比较大，建议及时到医院拔出，否则可导致发炎。
牙根没拔干净会造成发育和感染，影响临近牙齿的健康。牙根没拔干净会妨碍拔牙创口的愈合，引起明显的疼痛和肿胀，演变成慢性炎症病灶，引起拔牙创口或全身其他部位的感染，如果长期不处理，即使消炎后缓解了疼痛，还有可能会出现根尖肉芽肿、根尖囊肿甚至可能出现颌骨囊肿，如果不修复，两侧的邻牙可能向缺隙处倾斜，对颌牙也可能向缺隙处伸长，从而会引起咬合关系紊乱。建议去医院进行x光片的检查，根据具体情况对断牙进行处理;近期饮食上要注意清淡。
旦智齿根部留在里面，危害并不是很大，当创口长平时，剩下的根也都会再长出来，刚拔完创口，不能吃太烫的食物，拔除难度大的可以输头孢治疗，或者氯己定的漱口水消炎抑菌，也可以吃甲硝唑进行消肿。
可以去正规医院口腔科拍摄一张该牙齿的x线牙片，观察有无残根残留在牙槽窝里面，明确病因，采取进一步的方法。如果残根的长度长于3mm，要进行手术将其拔除掉。如果残根的长度短于3mm，可以口服消炎药物辅助治疗。
影响到前面的牙齿就要拔掉。拔智齿相对于拔牙来说是最复杂，难度最高的。一般智齿长出来后，因为阻碍了其他牙齿的生长或者是经常有炎症，所以很多人才想把智齿拔了。但是如果智齿只露出一点，要把智齿拔出来，还是很有难度。有炎症的牙齿是不允许被拔的，智齿也不例外。也就是说，智齿如果有炎症，那么等炎症好了之后，就要去医院把牙齿拔掉，不管智齿是否只露出一点，都要坚持拔掉。一般情况下，拔智齿都是需要极其小心，要到正规口腔医院，或者大医院去拔智齿。
