副作用主要是药物对肝肾的损伤，容易造成损伤性或者药物性的肝炎，需要在医生指导下用药。它的常见副作用是对性腺的毒性，可以出现停经，精子减少，肝损害和胃肠道反应及白细胞减少。
严重的可能会危及生命安全。平时需要注意多休息，避免剧烈运动，饮食清淡卫生，避免进食油腻不易消化的食物，低盐低脂饮食，适当运动。高血压服用降压药后血压不下降需要及时去医院就诊，需要及时调整药物，避免血压波动过大，从而导致严重并发症的可能。
雷公藤具有祛风除湿、活血化瘀通络、抗炎消肿止痛以及调节免疫的作用，可以用于类风湿关节的治疗，所以雷公藤泡酒可以用于类风湿关节炎的辅助治疗。由于雷公藤具有毒性，经酒炮制以后毒性可会增大，所以不可以内服。由于酒属于热性，所以当关节有红肿的时候，也不能用雷公藤泡酒外用治疗，以免加重关节红肿热痛等不适症状。
是由于里面有一种核黄素，这是一种发黄的色素，而且人体不能分解吸收，随着小便排出体外就会导致小便发黄，但是一般不会引起其他症状。核黄素主要通过肾脏代谢，所以服药之后会导致小便呈黄色。
雷公藤具有非常高的药用价值，并且有免疫机制功效。肾炎是可以用雷公藤作为治疗药物，能够起到非常不错的治疗效果，减轻患者的痛苦，在肾炎情况不是很严重时，雷公藤甚至可以将肾炎情况完全治愈。但是雷公藤具有一定的毒性，在使用时一定要谨慎，对生殖系统、胃肠道、肝脏等会造成一定的刺激和影响。一定要控制用量，避免出现副作用。
