通过尿道插入输尿管软镜进入膀胱，在膀胱中通过患侧输尿管膀胱开口部位，插入软镜到结石肾一侧的输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，使用钬激光对肾盂中的结石进行碎石，冲洗出粉碎的结石后退镜。
一般情况下，肾结石软镜碎石后排石可能会痛，具体内容如下：
如果患者有肾结石，在进行输尿管软镜碎石术后，体积比较大的结石可能已经被取出，但是，患者体内体积比较效的结石仍然需要随着尿液排出体外，这个排出结石的过程中有可能会导致患者出现疼痛的感觉。但这种疼痛通常并不剧烈，患者一般可以耐受，甚至有部分患者没有察觉到疼痛感觉。
输尿管软镜取肾结石技术，单纯适用于2cm以下肾结石，适用于2cm以上包括柱状结石和鹿角状结石，大致方法如下：提前一周置入输尿管支架管，建立手术通道；通过输尿管置入软镜鞘，输尿管软镜经软镜鞘进入肾盂，在显示屏监视下激光碎石，最后输尿管再置输尿管支架，避免输尿管狭窄；术后观察结石清除率，若排出彻底，可在一月后拔出输尿管支架管，若仍有残余结石，需依据病情评估，选择合适治疗方案。
输尿管软镜取肾结石技术，单纯适用于2cm以下肾结石，发展到结合其它辅助手术设备，适用于2cm以上包括柱状结石和鹿角状结石，大致方法是提前一周置入输尿管支架管，建立手术通道。通过输尿管置入软镜鞘，输尿管软镜经软镜鞘进入肾盂，在显示屏监视下激光碎石，最后输尿管再置输尿管支架，避免输尿管狭窄。
一般情况下，输尿管软镜治疗肾结石的方法是：经尿道经输尿管软镜进入膀胱，经患侧输尿管膀胱开口处插入软镜至结石肾一侧输尿管，软镜通过输尿管进入肾盂，用钬激光碎石清除结石，取出碎石后退镜；采用膀胱镜将“双J管”插入输尿管，以保证输尿管的通畅，防止残余结石堵塞输尿管。输尿管软镜碎石对于小于2cm的肾结石有很好的效果，但是对于太大的结石，可能效果不是很理想。
经皮肾镜和软镜，两种手术方式都好。都有自己的优点和缺点。软镜没有创伤，通过人体的自然通道，可以进入肾脏的上盏、中盏和下盏，可以将结石击碎，排出体外。但是软镜也有缺点，碎石的效率比较低，软镜比较昂贵，软镜手术费用就比较高，软镜碎石过程中容易出现发热等。而经皮肾镜对于大的结石效果就非常理想，彰显出经皮肾镜的优势，可以通过大通道，将结石快速击碎，通过经皮肾镜的通道，排出体外。
