对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
脑干脑炎任何年龄都可以发病，但以青壮年居多。大多数患者发病比较急，病情会逐渐加重，发病前患者多数有呼吸道和肠道感染，患者会出现精神障碍和意识障碍，双侧脑神经麻痹，一侧或者两侧肢体运动障碍，患者经过7~8周治疗，大部分会好转或痊愈。脑干脑炎患者没有典型的症状，容易误诊，一旦发现病情，要及时到医院检查治疗，以防耽误病情。
脑干脑炎通常比较难治好。
脑干脑炎属于严重的脑炎，虽然一般不会出现后遗症，但脑干脑炎属于一种比较严重的神经系统感染性疾病，要想根治就很困难。在治疗时，需要使用抗感染药物、脱水剂、抗病毒药物，可以静脉注射丙种球蛋白激素。一般来说，脑干脑炎很少会出现反复发作的情况。治疗期间，患者要注意保暖，避免着凉，避免感冒，要保证充足的睡眠，同时要多吃蔬菜和水果，补充维生素，提高身体素质。
想要诊断为脑干脑炎，须结合病人病史，体检、对应辅助检查方可诊断。通常可在头颅上进行磁共振检查，若病人有脑干之病灶，经头颅磁共振检查，特别是平扫+强化检查，可在病人脑干上找到某些病灶。另外还有就是脑嵴液和血液等相关的检查和分析也非常重要，因为这些都能够对脑干脑炎做出明确的诊断。另外，需配合病人脑脊液检查，例如可采用腰椎穿刺的方法，留脑脊液作相应检查。在脑嵴液中也会有很多病毒或者蛋白成分，这些都可能导致出现脑膜炎等并发症。如病人的颅内压相对较高，细胞素相对较多，接着病人生化，特别是脑脊液有异常现象，通过检测相应抗体，并对部分细菌进行了培养，病人配合头颅磁共振之检查，它可诊断为脑干脑炎。
脑干脑炎治疗的方法主要包括激素治疗,激素治疗是脑干脑炎的最主要的治疗方法,一般来说患者出现了脑干脑炎,会造成脑干相应的核团的损伤和外周神经的损伤,比如可能造成患者的眼肌的麻痹,考虑是为动眼神经或者是滑车神经、外展神经出现了病变引发,也有可能引发了吞咽功能障碍,饮水呛咳等。
患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
这个轻度的脑炎，其症状就与感冒相同，会出现头痛、发热、身体虚弱、无食欲等症状。严重的脑干脑炎症状，是脑的功能受到明显的影响，造成心烦气躁、不安及嗜睡，臂部或腿部肌肉无力，双重视觉（复视)言及听觉困难等，确诊以后需要及时对症治疗。
