肛瘘的主要症状是局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
肛瘘手术后的创面一般是敞开的，术后需要换药，保持引流通畅，术后疼痛主要与手术的方式，创面的大小等有关，大部分术后一周左右会疼痛，以后随着创面的愈合，疼痛会逐渐减轻。术后每日熏洗坐浴，保持肛周清洁，减少大便对创面的污染。
有些疼痛的，可能是肛瘘发炎或者是便秘，饮食方面等有关平时注意卫生，不喝酒，不吃辛辣有刺激性的东西，可以化验一下血液分析看看，看看有没有红肿，可以吃点消炎药看看。
也是很疼的，肛瘘又称肛门直肠瘘，大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成，是常见的肛门疾病，平时要注意局部卫生，经常进行清心，还要禁忌辛辣刺激的食物，可以多吃些富含维生素以及蛋白质之类的食物。
肛瘘疼痛缓解可以选择非手术治疗，包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能完全恢复的，或者是手术治疗挂线或切除。
二级疼痛。肛瘘大多采用拔线手术，术后要定期绷紧线，这主要是为了保持橡皮筋的作用，可以起到慢性切割、绷紧线时有疼痛症状，一般一个月后肛瘘手术后要用橡皮筋绷紧线将基本拉紧。
