卵巢巧克力囊肿治疗后不会影响生育。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最符合本病处理方法。平时注意休息，以清淡易消化饮食为主，避免辛辣刺激性食物。
可以，巧克力囊肿是由于有炎症的长期刺激和子宫内膜异位生长引起的。会随生理期周期性的脱落出血疼痛。主要临床表现就是引起月经量多，不规则出血，痛经等。有生育要求的可以保守治疗。症状严重者可以手术，囊液抽吸，性激素治疗等。
是先天性睾丸发育不全。严重会影响睾丸的生长发育，从而导致生精功能障碍，引起不育，可以通过手术治疗，睾丸恢复到阴囊中，随着时间推移，睾丸会慢慢生长发育，不会影响睾丸的治疗生理功能。
不能。如果双侧输卵管切除的情况下，是不能够再自然怀孕的。如果想怀孕的情况下，可以采取试管婴儿的方式受孕。输卵管切除了，但是卵巢还在，仍然具有排卵功能，将受精卵移送到母体的宫腔内，后面的过程就和正常的妊娠过程一样的。注意在饮食上的营养，多休息，去正规医院做试管婴儿为好。
卵巢巧克力囊肿，直径达到或超过3厘米者，应接受手术，清除“炸弹”爆炸的危险。此时手术多采取巧克力囊肿剥除术，从而最大限度地保留了正常的卵巢组织，传统剖腹手术或腹腔镜手术都能达到治疗目的。术后还需要服用药物巩固疗效，防止卵巢巧克力囊肿的复发。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
