肝门部胆管癌的首选治疗方式是手术切除，血管骨骼化、联合肝叶切除、扩大淋巴结清扫和胆道重建是肝门部胆管癌根治术的主要方面。必要时联合各类肝叶和血管切除技术，可以提高切除成功率。
肝门部胆管癌是胆道系统常见的恶性肿瘤，目前治疗肝门部胆管癌的方法繁多，有手术切除、化疗、放疗、免疫治疗、生物治疗、介入治疗等，但最有效的方法仍为手术切除治疗。对于无法手术的患者，进行引流或介入方法以延长生命，提高生存质量。
目前治疗的主要方法还是选择尽早的进行手术治疗，然后进行化疗和放疗的建议，化疗后便需要应用一些增加免疫力的药物，增加身体的抵抗力，这样才能够保证放疗的顺利进行。同时也需要定期进行复查。平时注意休息，饮食宜清淡，避免辛辣和油腻，避免情绪激动和劳累。
肝门静脉血栓的医治方法是通过溶解血栓的药物疏通医治，需要明确病发的原因，可以更深一步的检查凝血功能，另一个办法就是介入手术疏通的治疗手段，来进行纠正治疗。静脉血栓可能影响到回心脏的血流不正常，腹胀、黑便就要想是不是出血导致的。
可以用放射治疗。肛门部鳞状细胞癌和基底细胞癌，对放射线甚为敏感。根据患者的全身情况及肿瘤的局部情况，可选择使用X线体外放疗、镭放疗、钴放疗、电子加速器放疗，也可结合手术治疗。在术前应用可提高切除率，术后应用则可减少复发，提高疗效。
