巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿一般恶变率很低，但极个别有恶变的可能性，如果肿瘤指标异常，短期内肿瘤又快速增大，超过5厘米，怀疑恶变，应该尽快手术。如果囊肿体积在三、四公分以内，可以采用保守治疗的方法，只要注意定期复查，观察囊肿的生长情况即可。一般建议3-6个月查一次，如果囊肿体积变化不大，超声下囊壁的回声没有异常，也没有其他的生育要求，可以先进行保守治疗，不用做手术。
一般囊肿大于5厘米考虑是需要选择手术，囊肿接近5厘米的情况，暂时还不用手术，可以先用中药调理一段时间平时要避免劳累剧烈运动，避免油腻辛辣刺激饮食，过一段时间再复查一下B超，看看囊肿的变化，如果有增大明显，再考虑手术处理剥除囊肿。
直径大于3个cm，就需要手术治疗。巧克力囊肿可以压迫正常卵巢组织，影响排卵。巧克力囊肿是卵巢的良性囊肿，如果确诊是巧克力囊肿，超过5公分以上的，做手术治疗，一般超过五十毫米的囊肿，多数情况下存在手术指征，需要考虑手术处理了。
另外从发病机理到临床表现都可以观察到本病症属于比较复杂的症状，对于女性朋友常说的巧克力囊肿7cm大小一定要引起适当重视，饮食尽量不要吃辣椒海鲜等刺激性食物，以此告诫广大女性要对饮食方面对注意。
手术之后至少休息一周的时间，在进行正常的活动，不建议过度的劳累，不要吃辛辣刺激生冷的食物，多注意休息，调整好心情，别喝凉的水和饮料，多吃些蔬菜水果，补充维生素增强微量元素。
大于五厘米就容易发生扭转，破裂或者感染，那就需要急症手术治疗，若还不到五厘米，可以注意观察，定期做B超复查。但是如果平时痛经比较厉害，可以调理一段时间。也可以服用短效避孕药调理。
