上颚骨囊肿可用牙线进行治疗，严重时需手术切除病理组织。
颚骨囊肿指颚骨内出现含有液体的囊性肿物，并逐步增大，从而导致颚骨膨胀破坏。病因有牙源性和非牙源性两类。上颌骨囊肿可进行牙线治疗，如洁治、刮治等。非牙源性囊肿是由胚胎的发育过程中残留在颚骨内颚骨上皮发展形成，不影响正常生活时可以先观察，定期复查即可。若情况严重，需进行手术治疗。术后复发的可能较高，手术时可将周围正常组织叶切除部分，能有效降低复发的可能性。上颚骨囊肿会引起长期的间歇性疼痛，患者应根据个人情况进行针对性治疗。除此之外，还应注意休息。慢性病患者需增强体质，避免过度劳累，吃富含营养的食物。建议患病期间少吃辛辣刺激性食物，适当增加体育锻炼，注意保暖，避免受凉感冒。
对于上颌骨囊肿，应采取如下处理措施：采用全口弯曲断层片子和CT检查，确定囊肿的大小、与周边的联系。在全身麻醉时，传统的消毒、术区的渗透麻醉，用外科手术刀片直接切割上颌骨，大量的组织分离，取出粘骨膜，取出一部分骨头，露出囊内的囊，取出囊内的所有细胞。用碳酸盐烧灼骨壁上，完全清洗生理盐水，填充碘仿纱，并将伤口缝上。
一般颌骨囊肿都会做外科手术，具体要看具体的部位和体积。
有的部位的囊肿不需要做外科手术，例如某些位于根尖的微小囊肿，一般都可以通过牙科的方法来彻底治愈。另外，也会出现在骨骼的中心，也会出现在下颌升支的部位，囊肿很大，一般情况下，可以采用的是打开的方式来处理，就是通过对囊肿进行开窗减压，使囊肿变成一个袋子，逐渐的收缩，拉张成骨，等体积变小，再做外科手术，这样的损伤相对来说是很轻的。
骨囊肿手术一般需要在麻醉下做。
四肢长骨干骺端可能会形成骨囊肿，造成局部病变，前期可能会没有明显症状，但是后期可能会导致疼痛。此时患者一般需要及时进行手术治疗，需要在麻醉下进行手术，在骨囊肿附近的皮肤表面进行切口，随后将骨囊肿璧切开，刮除囊肿，再进行植骨，同时需要在局部进行内固定或外固定，以促进愈合。手术后患者需要适当休息，避免剧烈运动。
舌骨囊肿一般指甲状舌骨囊肿，而甲状舌骨囊肿手术当天可以吃饭，但只能吃流食。
甲状舌骨囊肿是一种先天性囊肿，源于甲状舌管的残余上皮，可能是甲状舌管退化不全导致的，临床上一般以手术切除进行治疗为主，如果是局部麻醉，术后两小时可以进食流食；如果是在全麻下进行手术，术后六小时可以进食流食，而手术三天后可以进食半流质饮食，术后十天可以普通饮食。
