乙型肝炎的临床并发症常有以下几种：血液学疾病：主要是再生障碍性贫血和溶血性贫血；心血管疾病：如心肌炎、心包炎、结节性动脉周围炎等；肾病：这是乙型肝炎较常见的并发症，早期无症状蛋白尿、血尿。甚至出现颗粒管型。这是可变的和持久的。逐渐发展为肾功能不全。
肛窦炎葡萄痔。如果治疗不及时，裂口反复发炎，感染向肛缘皮下发展，还会形成皮下脓肿和瘘管。可以使用温盐水坐盆，饮食清淡营养、忌食辛辣，多饮水、多吃新鲜瓜果蔬菜，每天定时大便。
血糖大于等于11.1mmol/L会引起并发症，容易出现糖尿病的并发症，发病急、慢程度、有糖尿病的急性并发症，比如糖尿病酮症酸中毒，糖尿病非酮症高血糖高渗状态。并发症病情重、病死率高。
肝硬化这类慢性病会出现的并发症还是比较多的，首先肝性脑病，肝硬化的在后期都会昏迷以及反复发作，可能刚开始病情不严重，但后面昏迷程度会逐渐加重，这是最为严重的并发症。肝硬化在后期可能也会出现上消化道出血，这是由于门静脉压力增高，导致侧支循环建立引起的静脉曲张，静脉曲张破裂后就会引起大出血。
咽喉炎会引起并发症，急性咽炎时，除咽痛外，还可出现发热、怕冷、头痛、周身酸痛、食欲差，大便干、口干渴等全身中毒反应。有细菌感染时，血液白细胞数升高。如果咽痛剧烈，影响吞咽，还会造成体内营养、代谢失调。如果治疗不及时，或反复发作，可转为慢性。
