巧克力囊肿的治疗方法一般会根据年龄，生育要求和包块的大小及性质来决定的，尽快去医院根据病情进行手术治疗，如果囊肿的尺寸比较小，可以药物活血化瘀治疗，如果囊肿的尺寸比较大，可以通过腹腔镜下进行手术处理。
肺囊肿属于良性的病变，该病一般是先天的发育异常所引起的症状表现也会有较大的差异，比较小的囊肿，一般是没有任何症状的，也有可能合并有反复的感染等表现，如果确诊之后症状表现比较明显的，还应该考虑进行手术治疗的。
少数肛周囊肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，注意忌酒和辛辣刺激食物，多吃蔬菜水果、多饮水，保持大便通畅，保持肛周清洁干燥，适当运动。
如果肺囊肿不大，如在两厘米之内，可以对症治疗，比如消炎，止咳化痰，退热等方法。如果囊肿相对大，即大于两厘米以上，这种是需要手术治疗的，手术治疗效果还是比较明显。
大于5厘米的卵巢囊肿需要手术，因为囊肿太大而不会引起并发症，如蒂扭转、出血、破裂和感染。如果分娩需要怀孕，分娩时可以通过剖腹产摘除囊肿。如果不需要分娩，囊肿可以通过腹腔镜或剖腹手术切除。
